Cerita ini berkisah Mahiro Fuwa, seorang remaja yang adik secara misterius dibunuh satu tahun sebelumnya, dan temannya Yoshino Takigawa. Mahiro yang dihubungi oleh HakazeKusaribe, pemimpin klan Kusaribe yang tersisa terdampar di sebuah pulau terpencil tidak diketahui oleh pengikutnya, dan setuju untuk membantu Hakaze dalam pertukaran untukbantuannya untuk mengetahui pelakunya atas kematian keluarganya. Setelah mengetahuiniat temannya, Yoshino bergabung dengan dia pada quest untuk melawan klan Kusaribeyang berniat untuk membangkitkan “Pohon Exodus” yang kekuasaannya dapat membawakehancuran bagi seluruh dunia.
Beberapa dialog dan elemen plot di Zetsuen no Tempest memberi penghormatan kepadadua karya William Shakespeare, Hamlet dan Tempest, yang kebetulan adalah dua cerita tentang retribusi, meskipun dengan benar-benar menentang hasil.
